Наборы реагентов для полногеномной амплификации и подготовки NGS библиотек

Набор реагентов для полногеномной амплификации

Полногеномная амплификация ДНК широко используется как для научных исследований (изучение генетического мозаицизма или геномный анализ клеточных субпопуляций раковых опухолей, палеогенетика, криминалистика), так и в клинической генетической диагностике для проведения ПГТ в цикле ЭКО.

WGA Display — набор реагентов для полногеномной амплификации ДНК.
SC WGA Display — набор реагентов для полногеномной амплификации ДНК, выделенной из единичных клеток

Набор реагентов предназначен для амплификации полного генома клеток млекопитающих. Амплификация ДНК проводится в одной пробирке в одну стадию с использованием несложного протокола. Методом полногеномной амплификации является улучшенная версия дегенеративной олиго-ПЦР (DOP-PCR). Ключевой компонент набора — уникальный инновационный фермент — SD ДНК-полимераза.
Набор обеспечивает высококачественную полногеномную амплификацию малого количества ДНК (от 10 пг) с выходом 1 — 2 мкг продукта. Полученные ампликоны в дальнейшем могут быть проанализированы методами массового параллельного секвенирования (NGS), сравнительной геномной гибридизации (CGH) на чипах, высокочувствительных ПЦР-исследований.
Набор реагентов SC WGA Display содержит в составе буфер для лизиса клеток.

Наборы реагентов для подготовки NGS библиотек для платформы Illumina

Некоторые современные генетический технологии, в частности, массовое параллельное секвенирование (NGS) предполагают использование сравнительно небольших фрагментов ДНК (100 – 600 п.н.). Перспективным способом фрагментации ДНК является ферментативная фрагментация молекул.
Дальнейшая пробоподготовка для NGS требует подготовки библиотек – совокупности фрагментов образца исследуемой ДНК заданного диапазона длин, модифицированных соответствующим образом. Наборы реагентов «ДНК-дисплей» обеспечивают полный цикл пробоподготовки для NGS.

FTP Display — набор реагентов для ферментативной фрагментации ДНК

Набор обеспечивает ферментативную фрагментацию двуцепочечной ДНК, при этом позволяет достаточно просто варьировать размер получаемых фрагментов в диапазоне 100 – 800 п.н. Суть метода заключается в использовании двух ферментативных реакций: создание разрезов (ников) в ДНК с помощью неспецифической ДНКазы I и дальнейшая полимеризация с вытеснением комплементарной цепи ДНК с помощью термостабильной SD ДНК-полимеразы. Полученные фрагменты не требуют дополнительного восстановления концов (как в случае других методов фрагментации) и могут быть сразу использованы для присоединения служебных последовательностей (адаптеров, индексов).

Процедура фрагментации проводится в одной пробирке, что существенно сокращает время работы и обеспечивает высокий практический выход реакции. Высокое качество получаемых фрагментов ДНК гарантирует в дальнейшем создание качественных библиотек для массового параллельного секвенирования (NGS).

ADP Display — набор адаптеров для подготовки NGS библиотек

Набор адаптеров для подготовки NGS библиотек предназначен для приготовления библиотек ДНК для дальнейшего секвенирования методом NGS на платформах Illumina.

Использование адаптеров обеспечивает связывание исследуемых фрагментов дцДНК с поверхностью проточной кюветы секвенатора и их идентификацию. Лигирование адаптеров, содержащих уникальные последовательности (индексы), к фрагментам исследуемой дцДНК позволяет однозначно маркировать исследуемые образцы и проводить секвенирование нескольких образцов в одной проточной кювете.
Лигирование адаптеров и дальнейшее обогащение библиотек рекомендуется проводить с помощью набора для подготовки NGS библиотек LIB Display.

LIB Display — набор реагентов для подготовки NGS библиотек для платформы Illumina

Приготовление библиотек с помощью набора LIB Display состоит из двух этапов. В ходе первого этапа происходит Т–А лигирование Y-адаптеров с фрагментами исследуемой ДНК. На втором этапе проводят обогащение продуктов реакции методом ПЦР. Дальнейший анализ полученной библиотеки проводится методом NGS на платформах Illumina с использованием соответствующих реагентов.


Кат №Наименование набора реагентовСокращенное
наименование
Количество
реакций
10012/
10024/
10096
Набор реагентов WGA Display для
полногеномной амплификации ДНК
WGA Display 12/24/96 Инструкция
10012/
10024/
10096
Набор реагентов SC WGA Display для
полногеномной амплификации ДНК,
выделенной из единичных клеток (с буфером)
SC WGA Display 12/24/96 Инструкция
20008/
20024/
20096
Набор реагентов FTP Display для
ферментативной фрагментации ДНК
FTP Display
FTP Display 8/24/96 Инструкция
30008/
30024/
30096
Набор адаптеров ADP Display для
подготовки NGS библиотек
ADP Display 32/96/384 Инструкция
40008/
40024/
40096
Набор реагентов LIB Display для
подготовки NGS библиотек для
платформы Illumina
LIB Display 8/24/96 Инструкция

Ссылки на наборы реагентов «ДНК-дисплей» в рецензируемых журналах:

  1. Tishakova, K.V.; Prokopov, D.Y.; Davletshina, G.I.; Rumyantsev, A.V.; O’Brien, P.C.M.; Ferguson-Smith, M.A.; Giovannotti, M.; Lisachov, A.P.; Trifonov, V.A. Identification of Iguania Ancestral Syntenic Blocks and Putative Sex Chromosomes in the Veiled Chameleon (Chamaeleo calyptratus, Chamaeleonidae, Iguania). Int. J. Mol. Sci. 2022, 23, 15838. https://doi.org/10.3390/ijms232415838
  2. Lisachov A, Tishakova K, Romanenko S, Lisachova L, Davletshina G, Prokopov D, Kratochvíl L, O Brien P, Ferguson-Smith M, Borodin P, Trifonov V. Robertsonian fusion triggers recombination suppression on sex chromosomes in Coleonyx geckos. Sci Rep. 2023 Sep 19;13(1):15502. doi: 10.1038/s41598-023-39937-2. PMID: 37726346; PMCID: PMC10509250.

Обсуждение закрыто.